Vatikan Müzeleri (İtalyanca: Musei Vaticani), Vatikan'da bulunan dünyanın en büyük müzelerinden birisidir. Bu müze Roma Katolik Kilisesi tarafından Rönesans'da inşa edilmiş olup, dünyanın önemli heykellerine ev sahipliği yapan önemli bir binadır.
Vatikan Müzeleri 500 yıl önce inşaatta kullanılan mermerlerle tarihi izlerini korumaktadır. Yunan mitolojisinde yer alan, bir rahip olan Laocoön heykeli 14 Haziran 1506 tarihinde Santa Maria Maggiore bazilikasına yakın bir şarap mahzeninde bulunmuştur. Papa II. Julius, keşif yapmaları için Giuliano da Sangallo ile Michelangelo Buonarroti'yi görevlendirmiştir. Onların tavsiyeleri üzerine papa, şarap mahzeninin sahibi ile anlaşıp heykeli satın almıştır. Papa heykelin keşfinden sonra heykeli halka teşhir ettirmiştir.
1854'te Papa IX. Pius'un kararı ile bazı Vatikan koleksiyonu parçaları Lateran Müzesi'nden Papa XIV. Benedict tarafından yapılan Christianum Müzesi'ne konulmuştur.
Müze kalıcı olarak halka bir Vatikan Tepesi'nde nekropol kazılarında açarak 2006 yılının Ekim ayında kendi 500. yıldönümünü kutladı.
Papa XI. Pius, sanat eserlerinin uygun bir binada muhafaza edilmesi için Borgia Apartmanı'nda sanat galerisi inşa edilmesini emretti. Yeni bina 27 Ekim 1932 tarihinde açıldı. Binanın mimarı Luca Beltrami'dir. Bu müze;
Carlo Carrà ve Giorgio de Chirico gibi sanatçıların modern dini sanat resim ve heykel koleksiyonudur.
Müze, Papa XIV. Clement tarafından 1771 yılında Pio-Clementino kuruldu ve başlangıçta Rönesans ve antika eserler içeriyordu. Müze ve koleksiyon Clement'in halefisi Papa VI. Pius tarafndan genişletilmiştir. Bugün müze, Yunan ve Roma eserleri hakkında çalışmaktadır.
Toplamda, Sistine Şapeli ile birlikte toplam 54 galeri vardır. Ziyaretçiler Sistine Şapeli'ne 53 galeriyi gezdikten sonra verilen ödül ile girebilirler. Bazı önemli galeriler;
Yunan Haçı Galerisi (Sala Croce Greca): Constance ve Saint Helen, Büyük Konstantin'in kızı ve annesine ait porfir lahit.
Sala Rotonda: Minyatür Pantheon şeklinde, oda katlarında etkileyici antik mozaik, ve Herkül altın bronz heykeli de dahil olmak üzere çevre astar antik heykelleri vardır.
Heykel Galerisi (Galleria Heykeli delle): Adından da anlaşılacağı gibi, Uyuyan Ariadne ve Menander'in büstü dahil çeşitli önemli heykellerden, tutar. Aynı zamanda, Barberini Candelabra içerir.
Büstler Galerisi(Galleria dei Busti): Birçok antik büst içerir.
Maskeleri Dolabı (Gabinetto Maschere delle): Adı Villa Adriana'da bulunan antik tiyatro maskelerinin bulunduğu mozaik kattan gelir. Duvarlar boyunca, Üç Güzeller dahil birçok ünlü heykeller gösterilir.
Bu müze 19. yüzyılın başlarında Papa VII. Pius (Papa seçilmeden önce soyadı Chiaramonti'ydi) tarafından kurulmuştur. Müze birkaç tarafı heykeller, lahitler ve frizler sergilendiği büyük bir kemerli galeriden oluşur. New Wing, Raphael Stern, Prima Porta Augustus, Doryphoros gibi önemli heykeller Braccio Nuovo tarafından inşa edilmiştir. Galeria Lapidaria, türünün dünyanın en büyük koleksiyon 3000'den fazla taş tablet ve kitabeler ile, Chiaramonti müzesininin diğer bir parçasıdır. Ancak müze sadece çalışmalar için özel izinle açılır.
1836 yılında Papa XVI. Gregory tarafından kurulan bu müzede arkeolojik kazılardan gelen, sekiz adet galeri ve önemli Etrüsk eser vardır. Bu parçalar vazolar, lahit, bronz ve Guglielmi Koleksiyonu'dur.
1839 yılında Papa XVI. Gregory tarafından kurulan bu müze, Antik Mısır koleksiyon malzemelerinin çoğuna ev sahipliği yapar. Bu tür malzemeler papirüsler, Grassi Koleksiyonu, hayvan mumyalar ve ünlü bir reprodüksiyon olan Ölüler Kitabı içerir.
Genellikle müzeleri her sene 4 milyondan fazla kişi ziyaret etmektedir. 2011'de ziyaretçi sayısı 5 milyona ulaşmıştır.
