Ulusal Doğa ve Bilim Müzesi (Japonca: 国立科学博物館 Kokuritsu Kagaku Hakubutsukan), Japonya'nın başkenti Tokyo' bulunan bir müzedir. Müze Ueno Parkı'nın kuzeydoğu köşesinde yer almaktadır. 1871'de açılmış olup Eğitim Bakanlığı Müzesi, Tokyo Müzesi, Tokyo Bilim Müzesi, Japonya Ulusal Bilim Müzesi ve son olarak 2007 yılında günümüzdeki adını almıştır. Müze, 1990 ve 2000'li yıllarda yenilenmiştir ve çok çeşitli doğal tarih sergileri ve etkileşimli bilimsel deneyimler sunmaktadır.
Müzede, Meiji dönemi öncesi bilim sergileri bulunmaktadır.