Seikan Tüneli (Japonca: 青函トンネル Seikan Tonneru veya 青函隧道 Seikan Zuidō), Japonya'da Honshu ve Hokkaido adalarını birbirine bağlayan ve 53.85 kilometrelik demiryolu tünelidir. Dünyanın en uzun demiryolu tüneli olup 23.3 kilometresi denizin altından geçmektedir. Tünel en derin yerinde deniz seviyesinden 240 metre aşağısında ve deniz dibinden ise 100 metre derinlikte yer almaktadır.
Tünelin yapımına 1954 yılında aralarında Tōya Maru dahil olmak üzere 5 yolcu gemisinin şiddetli bir tayfunda batması ve 1430 yolcunun ölmesi sonucu karar verildi. 9 yıl süren projelendirme çalışmaları sonucu tünelin inşaatı 1964 yılında başlanarak 1988 yılında tamamlanmış ve o dönemin rakamları ile 538,4 milyar yene (3,6 milyar ABD doları) mal olmuştur. Tünelin açılışı ise 13 Mart 1988 yılında gerçekleştirilmiştir.
Tünelin tasarımında, gelecekte Shinkansen trenlerinin kullanımını mümkün kılacak şekilde yumuşak kavisler ve meyiller kullanılmış olup 2016 yılında Hakodate'ye seferlerin başlatılması planlanılmaktadır.
