Boyana Kilisesi, Sofya'nın 8 km. güneyinde, Vitoşa Dağı eteklerinde bir ortaçağ Bulgar Ortodoks Kilisesidir.
1979’da UNESCO Dünya Mirası Listesi 'ne girmiştir. Farklı dönemlerde inşa edilmiş üç ayrı yapıdan oluşan kilisenin en önemli özelliği, iç duvarlarındaki fresklerdir. Duvarlara işlenmiş 80 sahnede 240 insan figürü yer alır. Bu freskler, 14. ve 16. yüzyıllarda Sırbistan, Rusya ve Athos Dağı'ndaki manastırlarda yaygın kullanılmaya başlanan dini duvar resimlerinin kaynağı kabul edilir.
Kilise, üç aşamada inşa edilmiştir: doğu kanadı 10.yüzyıl sonu-11. yüzyıl başında; ona bitişik olan, dışı seramik kaplı iki katlı kilise yapısı 13. yüzyıl ortasında ve kilisenin batıya doğru genişletilmesi ile oluşan üçüncü kısım 19. yüzyıl ortasında inşa edildi.
Boyana Kilisesi’nin ilk yapısı 10. yüzyıl sonu 11. yüzyıl başında Aziz Nikola’ya adanmış tek apsisli küçük bir şapel olarak inşa edilmişti. İkinci Bulgar İmparatorluğu’nda Sredets (Sofya) sebastokratorü olan Kaloyan ve eşi Desislava’nn emri ile ilk kilisenin batı duvarına iki katlı yeni bir kilise inşa edildi. Dış cephesi seramiklerle süslendi. Aile mezarının yer aldığı alt kattan eski kiliseye geçiş yapılabilmekte, üst katta aile şapeli yer almaktaydı. Yenilenen kilise, 1259 yılında takdis edildi. Yeni kilisenin iç duvarları bir grup sanatçı tarafından fresklerle süslendi.
19. yüzyılda yerli halkın bağışlarıyla üçüncü kısım inşa edildi. 1912 yılında Avusturyalı restorasyon uzmanı Jozef Bala, Bulgar Kral Ferdinand’ın eşi Kraliçe Eleonora’nın siparişi üzerinde birkaç önemli düzenleme yapmış; 1917 yılında ise kilisenin etrafında bir park oluşturulmuştur.
Kilise, 1976-2008 yılları arasında kilise ziyaretçilere kapalı kaldı 1979 yılında UNESCO'nun Mısır toplantısında Dünya Kültür Mirası listesine girdi. 2011 yılında kilisede duvar fresklerinin 750. yılına adanan uluslararası konferans düzenlenmiş ve kiliseye ilgi çok artmıştır.
